Em 1999, surge a Irmandade da Santa Casa da Misericórdia da Trofa na sequência duma petição subscrita e formulada por setenta e seis Irmãos Fundadores.
Em Setembro do mesmo ano, é constituída canonicamente por provisão de Sua Excelência Reverendíssima o Senhor Bispo do Porto, D. Armindo Lopes Coelho.

A 5 de Dezembro tomam posse os seus primeiros Órgãos Sociais tendo a sua primeira sede (provisória) na Rua Dr. António Cruz, nº 64.

A 17 de Abril de 2001, recebe, por doação da “Obra da Rua” ou “Obra do Padre Américo”, um prédio urbano, sito na R. Dr. Délio Santarém em S. Romão do Coronado, para nele ser instalado um equipamento social, onde atualmente se encontra instalada a Creche e o Jardim de Infância da Misericórdia da Trofa.

A 23 de Julho de 2002, a “Associação de Solidariedade Social Imaculada Conceição”, é integrada na Santa Casa da Misericórdia da Trofa, cedendo a propriedade onde hoje se encontram implantadas as instalações sede da Misericórdia e as duas estruturas residenciais para idosos o Lar “Imaculada Conceição” e o Lar “Alfredo Carriço” este último inaugurado em Julho de 2004.